전국농협노조는 전국의 지역농협 노동자들이 모여 만든 단일한 노동조합이다. 지역농협 노동자는 40년간 정부와 농협중앙회에 의해 통제 받고 억압받으면서 농민보다는 농협중앙회를 위해 일해왔다. 지역농협에서 출자해 지역농협과 농민을 지도하기 위해 만들어진 농협중앙회는 협동조합 정신에서 벗어나 피폐한 농촌과 농민에게는 또다른 수탈자로, 지역농협의 노동자에게는 실질적인 사용자로 군림해왔다.

농협은 농업협동조합법이라는 동일한 법률에 의해 설립되었다. 그리고 지역농협의 각종 사업은 물론 직원의 채용, 승진, 인사, 징계, 임금, 근로조건, 복리후생 등은 농협중앙회에 의해 조정, 통제, 규제 받고 있다. 따라서 지역별 차이라든가, 지역별 차이는 거의 없어 문제도 동일하고 해결방법도 동일 할 수 밖에 없었다.

그러나 농협노동자들은 마음은 있으나 지역별·농협별로 흩어져 있어 무엇하나 해결할 수 없었다. 이렇게 흩어져 있는 농협노동자를 하나로 묶어줄 민주적이고 자주적인 조직이 필요했다. 이런 농협노동자의 조직건설의 열망이 모여 만들어진 것이 바로 10년간의 투쟁 끝에 1999년 10월 24일 결성된 전국농협노동조합이다.

농협노동자가 주인인 전국농협노동조합은 농협노동자의 민주적이고 자주적인 조직으로 농협노동자면 일용, 임시, 계약직, 파트타임 누구나 가입할 수 있다. 전국농협노동조합은 농협노동자들의 노동조건 개선과 권익향상을 물론 농민조합원의 권익향상 그리고 우리 농협노동자에게 주어진 사회적 책무를 다하기 위해 노력하고 있다.