민주노총 법률원 김혜선 노무사입니다. (우선 답변이 늦어서 죄송합니다.)
우선 질의하신 내용만으로는 정확한 사실관계가 파악하기 힘든 점이 있습니다. 따라서 아래에서는 일반적인 내용을 위주로 설명드리겠습니다.

사측이 실제 지급되고 있던 변동성과급과 관련된 규정을 변경하는 것이라면 취업규칙 불이익변경에 해당된다고 보여집니다.
이 경우 당연히 과반수 노조 대표자 또는 근로자 과반수의 동의를 얻어야 합니다. (근로기준법 제94조) 따라서 이 과정 없이 변경된 지급규정은 현재 근무하고 있는 노동자에게는 효력이 없습니다. 만약 동의절차를 거치지 않은 규정을 일방적으로 시행하려고 하는 경우라면 우선 노동조합과의 연락 속에서 대응을 마련하셔야 할 것입니다.
노동조합에서 집단적인 이의제기를 진행하는 방법, 취업규칙 불이익변경에 대해 노동부에 진정 등을 할 수 있습니다.
경제가 어렵다는 핑계로 일방적인 상여금, 성과급 삭감 등이 많이 진행되고 있는 것 같습니다.
각 사업장에서 발생하는 이런 사안을 노동조합으로 모아내서 집단적으로 대응하는 것이 필요할 것입니다.

더 궁금하신 사항은 민주노총 법률원 (02-2635-0419)로 문의 바랍니다.