이는 국회와 정부 관련 부처 등이 그동안 각 조합장 선거에서 과열·혼탁은 물론 부정시비까지 끊이지 않자 이를 중앙선관위가 직접 관리할 수 있도록 관련 선거법을 개정한 데 따른 것이다. 자율적 조직인 각 조합에도 공직자 선거관리 체제가 도입되게 됐다.

이에 따라 중앙선관위는 앞으로 각 조합장 선거에서 금권선거 풍토를 철저히 차단하기 위해 지금까지 공직선거에만 적용되던 50배 과태료 및 포상금 제도를 확대 도입할 방침이다. 또 후보자 및 유권자들을 대상으로 공직선거에 상응하는 강력한 단속활동을 펼치기로 했다.

오는 7월부터 각 조합장 선거를 조합원 투표로 직접 실시할 조합들은 조합장 임기 만료일 전에 그 주된 사무소의 소재지를 관할하는 구·시·군선관위에 조합장 선거와 관련한 일체 사무를 위탁해야 한다. 또 각 조합들은 2000만원 정도의 수수료를 해당 선관위에 납부해야 하는 것으로 알려졌다. 이를 위해 중앙선관위와 농협중앙회 등은 현재 실무협의회를 구성, 구체적인 절차 및 방안을 마련 중에 있다. 이에 대해 지역 농협들은 “정부 등이 지역 조합들의 의견 수렴없이 관련 선거법을 개정한 것은 있을 수 없는 일”라며 “각 조합장 선거가 선관위에 위탁될 경우 ▲선거비용 부담 증가 ▲조합장의 비공직자 신분 ▲조합 자율성 등이 심각히 침해될 수 있다.”며 강력 반발하고 있다.